Le COOPERE est organisé en trois communautés d’intérêt – Fret, Voyageurs et Autorités Organisatrices de la Mobilité – pour évoquer des sujets ciblés, comme la capacité des sillons, le programme de développement du fret, la tarification, les sujets d’ouverture du marché voyageurs ou les projets ferroviaires. Des sujets stratégiques d’actualité et transverses sont également traités (Parcours clients digital, accessibilité…) ou dans le cadre des réunions de consultation sur le Document de Référence du Réseau.
Chaque année, deux séances plénières présidées par Matthieu Chabanel, Président-directeur général de SNCF Réseau, réunissent un panel de représentants de chaque communauté.