Ces travaux consisteront à conforter des ouvrages, renouveler la voie sur 35 km pour 49 M€ (Etat 19,4 M€, Région BFC 19,4 M€, INTERREG 6 M€ et SNCF Réseau 4,2 M€), mais également à rendre accessibles à tous les gares de Morteau et Valdahon pour 1,5 M€ (Etat 0,75 M€, Région BFC 0,75 M€) et à moderniser la signalisation pour permettre aux TER de la Région Bourgogne-Franche-Comté de continuer à circuler en Suisse pour 5 M€ (Etat 2,5 M€, Région BFC 2,5 M€).
Ce grand chantier de modernisation nécessitera une interruption totale des circulations durant ces 8 mois de travaux. La ligne des Horlogers, qui s’étend sur 75 kilomètres entre Besançon et la frontière suisse, permet la circulation de 31 TER par jour, dont 15 circulations entre la France et la Suisse.