La configuration technique de la gare de Montluel n'offre pas de marge de manoeuvre en cas d'aléa : un léger retard sur la ligne peut donc rapidement générer des retards en cascade, qui se répercuteront en gare de Lyon-Part-Dieu (en heure de pointe, 1 train circule toutes les 4' dans le coeur de l'Etoile Ferroviaire de Lyon) puis sur la ligne Lyon-Saint-Etienne.
Par exemple, dans le sens Montluel -> Lyon, il n'est aujourd'hui pas possible d'arrêter deux trains de voyageurs en gare de Montluel, car la voie E n'est pas équipée d'un quai. Le 2e train doit donc patienter à quai en gare de la Valbonne et les trains suivants doivent donc être arrêtés dans les gares précédentes de la ligne.
Par ailleurs, lorsqu'un train direct Ambérieu -> Lyon accuse un léger retard en gare d'Ambérieu-en-Bugey et circule derrière un train omnibus (lorsqu'il est à l'heure, il circule normalement avant le train omnibus), il n'existe pas de possibilité de doubler avant d'arriver à Lyon, et son retard peut augmenter de 30' environ.
La construction d'un nouveau quai le long de la voie E permettra d'arrêter un train de voyageurs supplémentaire à quai à Montluel en cas de difficultés de trafic à Lyon. En cas de besoin, les trains omnibus pourront être garés sur la voie E et être dépassés par les trains directs Ambérieu -> Lyon.
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